台州水文系统自60年代中期起在水文站网的基础上，开展了天然水化学检测，80年代初了增加水污染监测项目，90年代至今已发展到能对各类型水体、水生生物和底质等水环境要素进行监测，并拥有水量、水质同步监测的优势。目前已是由全国250多个水环境监测中心体系成员之一，监测中心已通过国家级计量认证。台州水质监测网络由60多个水质监测站点组成，定期监测评价地表水、地下水的水质，直接为水资源管理与保护等服务。依据《中华人民共和国水污染防治法》赋予水利部门各流域水资源保护机构的职责，定期测报台州市水体水环境质量状况。目前本中心已基本掌握了台州水系组成的河流、内陆、水库等地表水、地下水及临界水体水质的基本状况。